Извините, но в данном случае можно только гадать "будет-не будет".
ИП не может "подать встречный иск и объявить себя банкротом". Это разные произвоодства - гражданское и экономическое.
То что на стадии исполнения решения суда может стать невозможным такое исполнение - увы, но факт.
Если не хочется стройку замораживать и долго ждать, то вы можете провести экспертизу и обратиться за заменой или ремонтом окон к другому лицу, а виновнику выставить в судебном порядке стоимость ваших затрат на возмещение.