В данном случае рассуждать категориями "законно" или "незаконно" не получается.
В соответствии с законодательством договор считаетс заключенным, если в договоре оговорены требования, установленные законодательством.
Для договора купли-продажи такие требования минимальны:
продавец-покупатель, наименование товара, цена-стоимость с НДС, количество.
Все остальные положения договора вносятся соглашением сторон, или по требованию одной из сторон.
Соответственно, положение об обязательстве выставить электронную счет-фактуру по ндс с одной стороны является необязательным для договора купли-продажи, но если одна из сторон договора заявила требование внести данный пункт, то его надо внести по желанию этой стороны.