Трудовой договор, заключенный на время исполнения обязанностей временно отсутствующего работника (пункт 2 части третьей статьи 17), с лицами, принимаемыми на должность служащего (профессию рабочего), которую занимал молодой специалист, молодой рабочий (служащий) до призыва его на военную службу, направления на альтернативную службу (пункт 5 части третьей статьи 17), прекращается в день, предшествующий дню выхода этого работника на работу. (ч. 3 ст. 38 ТК)
Соответственно, при подаче заявления основного работника - договор прекращается.
исключений не предусмотрено