Статья 92. Режим рабочего времени и времени отдыха в служебной командировке
На работников, находящихся в служебной командировке, распространяется режим рабочего времени и времени отдыха, установленный по месту служебной командировки, но средний заработок сохраняется за все рабочие дни недели по графику постоянного места работы.
Вам, насколько понял, оплатили субботу и воскресенье, которые вы находились в командировке. По вашему заявлению должны предоставить другие дни отдыха (дни отдыха, выходные дни не оплачиваются).