Норма ч. 4 ст. 86 Кодекса об образовании сформулирована очень не удачно, поэтому здесь могут быть разные трактовки. Я считаю, что в университете Вам всё правильно сказали. А эта норма применяется только в отношении выпускников, направленныъх на работу в соответствии с договором о подготовке научного работника высшей квалификации за счет средств республиканского бюджета.
Если же Вы не отработаете оставшиеся 3 месяца, университет может в судебном порядке взыскать с Вас средства, затраченные на обучение.