Посмотрите в своем положении о премировании.
Вообще-то по общим правилам премия начисляется за фактическое время работы.
Статья 164. Периоды, включаемые в рабочий год
В рабочий год, за который предоставляется трудовой отпуск, включается фактически отработанное время.
К фактически отработанному времени приравниваются:
1) время, которое работник не работал, но за ним, согласно законодательству или коллективному договору, сохранялись прежняя работа и заработная плата либо выплачивалось пособие по государственному социальному страхованию, за исключением времени отпуска по уходу за ребенком до достижения им возраста трех лет;