Здравствуйте. Думаю, что наилучшим вариантом будет расторжение брака в обычном порядке, после розыска супруги. Это сразу снимет все риски. Также можно в судебном порядке признать ее безвестно отсутствующей и после этого расторгнуть брак, но в случае явки она сможет оспаривать эти решения. Если вообще ничего этого не делать, то она действительно сможет претендовать на обязательную долю в наследстве, пусть ей и придется для этого обращаться в суд, в случае, если нотариус не найдет ее в течение 6 месяцев после открытия наследства.