Неполный рабочий день (неполная рабочая неделя) отражается в трудовом договоре. С обязательным указанием графика работы.
А далее...
Ну начнем с того, что з/п по должности изначально расчитывается исходя из графика работы в режиме полной занятости.
Т.е., если у нас 8 часов в день, 5 дней в неделю, то работник заработает - 10 миллионов рублей.
Оплата (согласно ТК) производится согласно реально отработанному рабочему времени.
Работник в реальности работает 4 часа в день, 5 дней в неделю. Берем табель, считаем часовую ставку по штатному - получаем 5 миллионов...
Что сложного-то?