В случае, если в договоре нет условия о том, что проставление печати на соглашениях обязательно, и если контрагент осуществляет дейтельность (т.е. директор не отстранен и т.д.) то вполне допустимо заключить соглашение о расторжении только с подписями, без печати, т.к. по законодательству она не является обязательным реквизитом. Тут вопрос лишь в том, имеет ли контрагент полномочия на заключение каких-либо соглашений в данный момент в связи с проверкой.
В одностороннем порядке договор может быть расторгнут при наличии оснований, указанных в договоре или законодательстве. Если такие основания найдете - проводите процедуру расторжения (в зависимости от конкретных обстоятельств).