1. Провести полную инвентаризацию и документально установить фактические обстоятельства недостачи (отсутствие товара, нарушение кассовой дисциплины, отсутствие имущества, неправильный учет естественной убыли товара и т.п.), а так же возможные ее причины.
2. Определить круг виновных (возможно) лиц и затребовать письменных объяснений.
3. При признаках хищения - обратится в органы МВД для установления наличия или отсутствия состава преступления.
4. предложить виновным лицам в добровольном порядке возместить недостачу.
5. При отказе от добровольного возмещения - обратится в суд с иском к работникам о взыскании нанесенного нанимателю ущерба.
Сложного в данном процессе ничего нет, однако лучше, если все действия вы будете согласовывать с квалифицированным юристом.