Вне зависимости от того, проживаете вы в квартире или нет вы как собственник обязаны нести расходы по ее содержанию. если по вопросам водопотребления, потребления электроэнергии - вопрос спорный (все таки вы там не живете), то отчисления на тех обслуживание, отопление, капремонт - вы все таки должны нести в размере своей доли.
Но это формальная сторона. А практическая: договоритесь с супругом, заключите соглашение, о том, что раз он пользуется квартирой в полном объеме, то пускай на 100% ее и оплачивает. Как вариант.
Ну или распределите соглашением порядок несения расходов.